Lietuvos bioetikos komitetas taip pat bendradarbiauja su UNESCO. 2001 metais vykusioje 31-ojoje UNESCO Generalinėje konferencijoje Lietuvos Respublikos Prezidentas J. E. Valdas Adamkus pažymėjo, kad mūsų šalis remia UNESCO iniciatyvą kurti visuotinį bioetikos instrumentą, ir pasiūlė Lietuvoje surengti Rytų ir Vidurio Europos ekspertų susitikimą, kur būtų svarstomos bioetikos problemos. 2002 metų pradžioje Komitetas kartu su Lietuvos nacionaline UNESCO komisija, Lietuvos Respublikos Nuolatine atstovybe prie UNESCO, Švietimo ir mokslo ministerija ir Vilniaus universitetu aktyviai įsitraukė į konferencijos rengimą. Bendromis šių institucijų pastangomis 2002 metų lapkričio 11–12 dienomis Vilniuje įvyko tarptautinė konferencija „Rytų ir Vidurio Europos konferencija bioetikos klausimais", kurioje dalyvavo daugiau nei šimtas dalyvių iš Lietuvos ir viso pasaulio (UNESCO, Tarptautinio bioetikos komiteto, Europos Tarybos, Europos Komisijos atstovai ir pan.). Renginį globojo UNESCO Generalinis direktorius Koichiro Matsuura, Lietuvos Respublikos Prezidentas Valdas Adamkus ir Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministras Algirdas Monkevičius.
Sėkminga konferencija ir Lietuvos aktyvumas bioetikos srityje paskatino UNESCO remti ir kitą bioetikos projektą Lietuvoje, parengtą aktyviai bendradarbiaujant su Komitetu – įkurti Regioninį bioetikos informacijos centrą. 2004 metų rugsėjo 13 dieną Vilniaus universiteto Medicinos fakultete įvyko iškilmingas šio centro atidarymas, o kartu ir nacionalinės diskusijos dėl UNESCO rengiamos Visuotinių bioetikos normų deklaracijos. Minėtina, kad nuo 2002 metų Lietuvos bioetikos komiteto direktorius Eugenijus Gefenas atstovauja Rytų ir Vidurio Europos šalims UNESCO Tarptautiniame bioetikos komitete.
Iki 2004 metų, nors Lietuva dar nebuvo Europos Sąjungos nare, tačiau Lietuvos bioetikos komitetas jau bendradarbiavo su Europos Komisija, dalyvavo Europos nacionalinių etikos komitetų forumo susitikimuose. Pavyzdžiui, 2002 - 2005 metais Komitetas dalyvavo PRIVIREAL projekte, kuris skirtas analizuoti, kaip Europos Sąjungos valstybės laikosi Asmens duomenų teisinės apsaugos direktyvos (95/46/EB) biomedicininių tyrimų srityje, ir nagrinėti etikos komitetų vaidmenį praktiškai įgyvendinant minėtą direktyvą. 2003 metais pradėta įgyvendinti „Europos bioetikos mokymo sveikatos priežiūros institucijose programa“, kurios pagrindinis tikslas – sveikatos priežiūros specialistams parengti bioetikos mokymo rekomendacijas ir konkrečias programas, kurios atsižvelgtų ne tik į Europos tendencijas, bet kartu būtų pritaikytos konkrečios šalies sociokultūriniams poreikiams. Įgyvendinant šią programą kartu su Vilniaus universiteto Medicinos fakultetu buvo organizuojamas 4 dienų mokymo kursas „Bioetikos pagrindai“, skirtas etikos komisijų nariams.
Lietuvai įstojus į Europos Sąjungą, Komitetas toliau dalyvauja Europos Komisijos remiamuose tarptautiniuose projektuose. 2006 metais Komitetas įsitraukė į "BioTethed" projektą, orientuotą į biotechnologijų (kamieninių ląstelių tyrimų, reprodukcinių technologijų, genetiškai modifikuotų organizmų ir pan.) keliamų etinių problemų analizę ir sprendimą.
Minėtina, kad dalyvaudamas DEBRA projekte, Komitetas ėmė glaudžiai bendradarbiauti su Norvegijos tyrimų etikos komitetu. Europos Tarybos kvietimu Lietuvos bioetikos komiteto nariai stažavosi Norvegijos tyrimų etikos komitete ir Oslo universiteto medicinos etikos centre, taip pat kartu su kolegomis iš Estijos ir Latvijos lankėsi TromsØ regioniniame tyrimų etikos komitete. 2005 metų pavasarį Norvegijos tyrimų etikos komitetas metinio susirinkimo vieta pasirinko Vilnių. Tai tapo puikia proga visiems Lietuvos bioetikos komiteto nariams susitikti su kolegomis iš Norvegijos, analizuoti aktualiausius biomedicininių tyrimų klausimus, pasidalyti patirtimi ir svarstyti perspektyvaus bendradarbiavimo galimybes. Bendradarbiavimas su norvegais sukūrė prielaidas ir kitų partnerių atsiradimui. Tuo tikslu 2005 metų lapkritį buvo rengiamas visų Baltijos ir Skandinavijos šalių bei Šiaurės Rusijos etikos komitetų atstovų susitikimas, kurį rėmė NordForsk (liet. Šiaurės šalių tyrimų taryba).